Στην καλλιέργεια φυτών με υδροπονία έχουμε την δυνατότητα να ελέγχουμε πλήρως τον χώρο στον οποίο αναπτύσσονται οι ρίζες των φυτών μας, σημείο σημαντικό για την ανάπτυξη μιας σωστής καλλιέργειας με διάρκεια στο χρόνο. Λόγω του ότι το υπόστρωμα είναι αδρανές, απουσιάζουν από το περιβάλλον του φυτού εχθροί και ασθένειες οι οποίοι αναπτύσσονται σε καλλιέργειες εδάφους, με αυτόν τον τρόπο γίνεται μειωμένη χρήση χημικών. 
Ξεκάθαρα επίσης είναι τα πλεονεκτήματα της υδροπονίας σε σχέση με την προστασία του περιβάλλοντος. Σε μία περίοδο λειψυδρίας, η μέθοδος της υδροπονίας έρχεται να δώσει την λύση για το μέλλον της γεωργίας καθώς μέσω αυτής επιτυγχάνεται τεράστια εξοικονόμηση νερού.